Además de las funciones genéricas correspondientes a las direcciones del Departamento, la Dirección de Investigación tiene atribuidas las siguientes funciones y áreas de actuación:

1. Elaborar y ejecutar propuestas de creación y seguimiento de mecanismos de coordinación científica y tecnológica con los diferentes Departamentos del Gobierno y otras instituciones.
2. Establecer los criterios de evaluación, selección, ejecución, seguimiento y control de los programas y proyectos de investigación y desarrollo tecnológico, y de los programas de generación de infraestructuras en el ámbito universitario y científico.
3. Proponer la asignación de los recursos destinados por el Departamento de Educación a los proyectos y programas de investigación, y a las infraestructuras de investigación, y generar un banco de datos o registro de proyectos e infraestructuras científicas, que permita una gestión de los recursos más eficiente.
4. Elaborar y ejecutar programas de selección y formación de personal investigador, preparando e inspeccionando la actividad de los mismos, así como colaborar en los programas de formación de personal investigador a través del apoyo a las escuelas de doctorado y órganos equivalentes de las universidades.
5. Proponer y supervisar las previsiones contenidas en materia de investigación en los contratos- programa suscritos por el Departamento.
6. Gestionar los programas derivados del Plan de Ciencia, Tecnología e Investigación que corresponden al Departamento de Educación, en coordinación con otros Departamentos del Gobierno y otros agentes económicos y sociales.
7. Elaborar y ejecutar nuevas fórmulas en los programas de investigación para adaptar el sistema y la comunidad científica a los desafíos de la innovación y al Espacio Europeo de la Investigación.
8. Elaborar y ejecutar nuevas fórmulas en los programas de incentivación de la cooperación público-privada para la transferencia de conocimiento.
9. Elaborar planes, estudios, informes y propuestas de actuación en el ámbito interinstitucional dentro de las materias de competencia de esta dirección.
10. Fomentar la cultura científica en la sociedad vasca mediante la elaboración de programas de sensibilización, divulgación y formación en materia de ciencia e investigación científica y tecnológica.
11. Realizar el seguimiento y control de las actuaciones que se ejecuten en el ejercicio de sus funciones.
12. Supervisar las actividades de la Fundación Vasca para la Ciencia Ikerbasque, creada para la captación y atracción de talento.
13. Impulsar la actividad y el desarrollo de los centros de investigación básica y de excelencia (BERC), al objeto de dotar de mayor prestigio internacional a los grupos y líneas de investigación punteros en Euskadi, lo que contribuirá a que Euskadi se convierta en un polo avanzado de talento, al tiempo que se promocionará el establecimiento de mecanismos de colaboración con personal investigador de las universidades y otros centros de I+D+i vascos.
14. Convocar anualmente el Premio Euskadi de Investigación, al objeto de estimular y promocionar los esfuerzos de las y los investigadores y equipos cualificados cuyo trabajo haya ejercido una influencia positiva importante en Euskadi.
15. Desarrollar las funciones que para el Departamento de Educación se establecen en el Decreto 96/1997, de 29 de abril, modificado por Decreto 278/2000, de 26 de diciembre, por los que se constituye y se regula la Red Vasca de Ciencia, Tecnología e Innovación, mediante el establecimiento de relaciones de colaboración y coordinación con las entidades de investigación científica-tecnológica de Euskadi y la determinación de las características y funciones de las mismas, y en el Decreto 2/2009, de 13 de  enero, por el que se aprueba el acuerdo de la Comisión Mixta de Transferencias de 11 de diciembre de 2008, sobre traspaso a la Comunidad Autónoma del País Vasco de las funciones en materia de investigación y desarrollo científico y técnico e innovación, en relación con la Dispoción Adicional quincuagésima cuarta de la Ley 9/2017, de 8 de noviembre, de Contratos del Sector Público.
16. Impulsar las medidas que en materia de política de investigación prevé la Ley Orgánica 6/2001, de 21 de diciembre, de Universidades, y la Ley 3/2004, así como el Decreto 2/2009, de 13 de enero, por el que se aprueba el acuerdo de la Comisión Mixta de Transferencias de 11 de diciembre de 2008, sobre traspaso a la Comunidad Autónoma del País Vasco de las funciones en materia de investigación y desarrollo científico y tecnológico e innovación.

Direcciones.

Al frente de cada una de las direcciones del Departamento habrá un Director o Directora que, salvo lo previsto para la Dirección de Gabinete del Consejero o Consejera, dependerá directa y jerárquicamente del Viceconsejero o Viceconsejera correspondiente. Corresponde a los Directores y Directoras del Departamento de Educación:

1. Organizar los servicios internos y sistemas de trabajo de la dirección.
2. Impulsar, dirigir, coordinar y controlar las actividades que se desarrollen.
3. Proponer a los órganos de los que dependan los planes o programas de actuación en las materias atribuidas a su competencia.
4. Proponer, definir y gestionar las convocatorias de ayudas y subvenciones en las áreas atribuidas a su competencia.
5. La contratación, autorización y la aprobación del gasto y el control en la correcta ejecución de los contratos menores de su área de actuación, sin perjuicio de las menciones a estos contratos en este Decreto, especialmente la Disposición Adicional Segunda.
6. Definir en su ámbito los objetivos del Plan de Normalización Lingüística en vigor, así como desarrollar y evaluar las iniciativas para alcanzar dichos objetivos llevando a cabo una gestión integrada del euskera en colaboración con las jefaturas de servicio de cada dirección; todo ello bajo la coordinación de la Dirección de Régimen Jurídico y Servicios en colaboración con la Viceconsejería de Política Lingüística.
7. Cualesquiera otras funciones que les atribuya el ordenamiento jurídico vigente o tengan el carácter de comunes por venir atribuidas con carácter general a los Directores y Directoras del Gobierno.