La Directiva Marco del Agua (DMA) introdujo un nuevo concepto de diagnóstico y seguimiento de la calidad de las masas de agua, tanto las superficiales como las subterráneas. El concepto de estado de las aguas refleja el grado de presión de origen humano sobre los ecosistemas acuáticos y el nivel de deterioro de los mismos respecto a condiciones no alteradas.

Las bases de este nuevo concepto implican el establecimiento de programas de seguimiento en los que de forma periódica se toman muestras para el análisis de la estructura y el funcionamiento de comunidades biológicas, para determinar alteraciones de la composición química, y para evaluar componentes hidromorfológicos. La implantación de los programas de seguimiento permite obtener una visión general y coherente del estado y calidad de las aguas. La consecuente valoración del estado de las masas de agua representa un elemento central de la planificación hidrológica, puesto que sirve para evaluar la necesidad implantar o corregir medidas adecuadas para conseguir los objetivos medioambientales que se plantean en la propia planificación.

En la Comunidad Autónoma del País Vasco (CAPV) hay una serie de programas de seguimiento que pretenden obtener una visión general, coherente y completa del estado de las masas de agua; y que implican el control de las aguas superficiales (ríos, aguas de transición, aguas costeras, lagos y zonas húmedas), de las aguas subterráneas y de las zonas protegidas. La Agencia Vasca del Agua gestiona algunos de estos programas.

Los objetivos de los programas de seguimiento del estado de las aguas son:

• Obtener una visión general coherente y completa del estado de las masas de agua.
• Determinar el grado de cumplimiento de los objetivos medioambientales.
• Determinar el grado de eficiencia de los programas de medidas de los Planes Hidrológicos