La custodia del territorio es un instrumento para la conservación del patrimonio natural que promueve la participación de otros actores además de las administraciones públicas (propietarios, sociedad civil organizada, ciudadanía o empresas privadas) en la conservación de la biodiversidad.

La custodia del territorio adopta la forma de un acuerdo voluntario entre las personas propietarias o usuarias de los terrenos o titulares de derechos de aprovechamiento o uso de recursos naturales y las entidades de custodia. Debe establecer el plazo de vigencia, las actuaciones de conservación activa del patrimonio natural a realizar, los mecanismos de seguimiento y asesoramiento, así como el apoyo técnico y financiero

Las fincas objeto de un acuerdo de custodia del territorio pueden ser tanto de propiedad privada, como terrenos comunales de entidades locales, propiedad de empresas o terrenos sobre los que con independiencia de su titularidad existen derechos de aprovechamiento de recursos naturales. Las entidades de custodia pueden ser tanto organizaciones conservacionistas como asociaciones de vecinos, agentes sociales, fundaciones, e incluso entidades locales como podrían ser ayuntamientos, juntas administrativas, mancomuinidades, consorcios, etc, en todo caso sin ánimo de lucro y entre cuyos fines se encuentra la realización de actividades en pro de la conservación de la biodiversidad.